Нерсес Караманукян долгие годы работал в качестве управляющего финансово-экономическими делами Первопрестольного Святого Эчмиадзина, затем – руководителем офиса Международной финансовой корпорации в Армении. В 2009-2011 гг. работал в должности председателя правления Ардшининвестбанка. С 2011 года занимал пост директора компании Lydian International по региону Кавказа, а до получения приглашения в «Банк Анелик» работал в Азиатском банке развития советником по вопросам частного сектора экономики Армении.