В 1980 году в Москве на 83-й сессии МОК Самаранч был избран седьмым президентом этой организации. Его деятельность во главе международного олимпийского движения началась в довольно сложной обстановке, вызванной «холодной войной» и противостоянием двух супердержав — СССР и США. Будучи руководителем МОК, Самаранч демонстрировал поразительную гибкость, настойчивость и работоспособность. Как никто из предыдущих президентов, Самаранч часто выезжал в разные страны, знакомясь с работой практически всех национальных олимпийских комитетов, встречался с государственными и общественными деятелями. Журналисты назвали его «самым странствующим президентом».
Как отмечает Associated Press, на посту президента МОК Самаранчу пришлось столкнуться с бойкотами Олимпийских игр, судейскими и допинговыми скандалами, коммерциализацией спорта и решать вопрос об участии в олимпиадах профессиональных спортсменов. При этом испанца часто называют одной из ключевых фигур в истории современного олимпийского движения — Зевсом Олимпа. По единодушному мнению, правление Самаранча в МОК спасло олимпийское движение. Оно охватило почти весь мир, стало финансово самостоятельным, вырос уровень спортивной борьбы, телетрансляции стали приносить доходы, спорт смог примирить непримиримых политических противников. За вклад в олимпийское движение король Испании в 1991 году присвоил Самаранчу титул маркиза. В 2001 году Самаранч оставил свой пост из-за проблем со здоровьем и был назначен пожизненным почетным президентом МОК. И еще долгие годы дон Хуан оставался истинным другом всех настоящих любителей спорта.
«Самаранч был великим президентом, — отмечает нынешний глава МОК Жак Рогге. — После себя он оставил большое наследие. Он сделал Олимпийские игры успешными, он реформировал МОК, сделав его более представительным, прозрачным и эффективным».
